Học viện Nông nghiệp Việt Nam tiền thân là Trường Đại học Nông Lâm được thành lập ngày 12/10/1956 theo Nghị định số 53/NĐ-NL của Bộ Nông Lâm, là 1 trong 3 trường đại học đầu tiên của nước “Việt Nam Dân chủ Cộng hoà” được thành lập sau ngày hoà bình lập lại ở miền Bắc

Khi mới thành lập, Trường trực thuộc Bộ Nông Lâm, có 3 khoa với 4 chuyên ngành đào tạo: Khoa Nông học gồm hai ngành: trồng trọt và cơ khí hóa nông nghiệp; Khoa Chăn nuôi Thú y có ngành Chăn nuôi - Thú y; Khoa Lâm học có ngành Lâm học. Đội ngũ CBGD của trường lúc đó có 27 người. Thầy Bùi Huy Đáp được bổ nhiệm làm Giám đốc Trường cùng 2 thầy Phó Giám đốc là thầy Nguyễn Đăng và thầy Lương Định Của.

Sau 2 năm thành lập, tháng 12/1958, Chính phủ ra Quyết định sáp nhập Viện Khảo cứu trồng trọt, Viện Khảo cứu chăn nuôi, Phòng Nghiên cứu gỗ, Phòng Nghiên cứu Lâm sinh với Trường Đại học Nông Lâm thành Học viện Nông Lâm nhằm tập trung sức lực, trí tuệ của cán bộ và khả năng sử dụng hiệu quả trang thiết bị, đồng thời gắn liền hoạt động đào tạo với nghiên cứu khoa học phục vụ sản xuất.

Từ năm học 1959-1960, Học viện Nông Lâm được chuyển về cơ sở mới ở xã Trâu Quỳ, huyện Gia Lâm (tỉnh Bắc Ninh). Ngày 24/12/1960 Học viện đã tổ chức lễ tốt nghiệp cho sinh viên khóa I và vinh dự được Thủ tướng Phạm Văn Đồng về dự.

Đến năm 1963, trước đòi hỏi mới của đất nước, Học viện Nông Lâm được tách ra thành Trường Đại học Nông nghiệp và Viện Khoa học Nông nghiệp. Đầu năm 1963, Trường Đại học Nông nghiệp đã có 5 khoa với 10 chuyên ngành đào tạo. Số lượng sinh viên đã lên tới trên 3000.

Ngày 14/8/1967, Chính phủ ra quyết định đổi tên Trường Đại học Nông nghiệp thành Trường Đại học Nông nghiệp I, đồng thời với việc san sẻ một phần lực lượng cán bộ và cơ sở vật chất của Trường để thành lập Trường Đại học Nông nghiệp II (đóng tại Hà Bắc).

Năm 1969, Trường lại một lần nữa san sẻ lực lượng góp phần xây dựng Trường Đại học Nông nghiệp III (đóng tại Bắc Thái).

Năm 1977, Trường được Chính phủ giao nhiệm vụ đào tạo Phó tiến sĩ, mở đầu cho việc đào tạo sau đại học của Trường.

Đầu năm 1982, Trường Đại học Nông nghiệp I được mang tên người anh hùng dân tộc Cu Ba Hôxê Mácti như một sự ghi nhận của Nhà nước ta đối với sự ủng hộ và giúp đỡ chí tình chí nghĩa của Chính phủ và nhân dân Cu Ba đối với sự nghiệp đấu tranh giải phóng miền Nam và xây dựng CNXH ở nước ta.

Năm 1984, Trường Đại học Nông nghiệp I chuyển từ Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm sang Bộ Đại học và Trung học chuyên nghiệp quản lý.

Ngày 6/9/2004, Trường Đại học Nông nghiệp I được Chính phủ công nhận là một trong 14 trường trọng điểm Quốc gia.

Ngày 24/03/2008 Thủ tướng CP ra QĐ (283/QĐ-TTg) đổi tên Trường Đại học Nông nghiệp I thànhTrường Đại học Nông nghiệp Hà Nội.

Ngày 28/3/2014, Học viện Nông nghiệp Việt Nam được thành lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trên cơ sở tổ chức lại Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội theo Quyết định 441/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.

Ngày 17/6/2015, Thủ tướng Chính phủ ký ban hành Quyết định số 873/QĐ-TTg về việc phê duyệt Đề án thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động của Học viện Nông nghiệp Việt Nam giai đoạn 2015 – 2017 với mục tiêu chung là Học viện chủ động khai thác, sử dụng hợp lý, hiệu quả các nguồn lực để đổi mới và nâng cao chất lượng đào tạo, phấn đấu trở thành Đại học nghiên cứu đa ngành, đa lĩnh vực theo các chuẩn mực khu vực và quốc tế; đồng thời bảo đảm các đối tượng chính sách, đối tượng thuộc hộ nghèo có cơ hội học tập tại Học viện.

Các ngành đào tạo Công nghệ Thực phẩm của Học Viện Nông Nghiệp Việt Nam